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«En el trámite de elaboración, aprobación y modificación de los presupuestos de las Empresas Sociales del Estado (E.S.E) no aplica el mismo procedimiento que para otras entidades, por las siguientes razones:
El régimen presupuestal de las E.S.E está definido en el numeral 7 del artículo 195 de la Ley 100 de 1993. Además, estas instituciones deben ajustarse a lo establecido en el Decreto 115 de 1996 (compilado en el Decreto 1068 de 2015) y en la Ley 1966 de 2019, que busca garantizar transparencia, vigilancia, control y correcta utilización de los recursos del Sistema de Seguridad Social en Salud. También se tienen en cuenta disposiciones de la Resolución 2794 de 2021.
La Ley 1966 de 2019, en su artículo 16, establece que las E.S.E que no estén en riesgo financiero ni sujetas a planes de saneamiento fiscal y financiero, podrán elaborar y ejecutar sus presupuestos con base en sus propios estados financieros (balance general, estado de resultados, flujo de caja y proyecciones).
Esto significa que, a diferencia de las entidades territoriales, las E.S.E tienen un esquema de presupuestación propio, basado en el sistema de reembolso por la prestación de servicios, previsto desde la Ley 100 de 1993. Con las reformas posteriores y sentencias de la Corte Constitucional, actualmente el presupuesto se sustenta en la situación financiera real de la institución.
En cuanto a la participación ciudadana, esta se da a través de los representantes de la comunidad y de los gremios de la producción, quienes hacen parte de las Juntas Directivas de las E.S.E de segundo y tercer nivel, según el Decreto 1876 de 1994. Es importante aclarar que, si no se garantiza la convocatoria y participación de estos representantes en la conformación de la Junta Directiva, cualquier decisión que esta tome podría ser anulada, tal como lo ha señalado el Consejo de Estado.»